ACTUALIZACIÓN 09/07/2014: Se ha revelado además que se podrán formar equipos con los Amigos Secretos y juntos conseguir banderas. Podrás ponerle un nombre al equipo y compartir invitaciones vía códigos QR. Con tu equipo podrás conseguir nuevos objetos, poderes especiales como por ejemplo eclosionar huevos más rápidos y subir de nivel a los Pokémon instantáneamente.
Acerca de tener tu propio gimnasio en tu base secreta, todavía no se ha revelado mucho acerca de este aspecto, pero se sabe que podrás elegir entre realizar combates individuales o dobles.
– NOTICIA ORIGINAL –
Se ha confirmado que las bases secretas estarán de vuelta en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa en forma de Superbases Secretas, cargadas de nuevas funcionalidades
Para empezar, tu decidirás completamente las decoraciones de tu Base Secreta y además podrás colocar trampas. También podrás decidir las reglas de batalla en tu Base, y así convertirlo en tu propio gimnasio, esperando a que otros jugadores te reten.
Vía internet se podrá conectar con otros jugadores para compartir Bases Secretas. Cuando visitas la base de otra persona, los miembros de esa base estarán ahí pasando el rato. Puedes hablarles o incluso batallarlos. Si encuentras a alguien que te agrade lo puedes añadir como Amigo Secreto y llevarlo a tu Base Secreta. Una vez que te vuelves Amigo Secreto de alguien podrás seguir teniendo batallas con él y además tu amigo podrá utilizar «poderes especiales» para ayudarte en tu aventura.
Otra funcionalidad será el juego de captura la bandera. Para esto solo tendrás que examinar la bandera que esta al lado del PC en otras bases para obtenerla. Puedes conseguir una bandera de cada base que visites una vez al día. Si obtienes cierta cantidad de banderas subirás de rango y cambiará tu color de bandera, además de que tus Amigos Secretos podrán utilizar mejores poderes para ayudarte.
Puedes compartir tu Base Secreta con cualquier persona; podrás hacer un código QR que simbolice tu base y compartirlo con la persona que quieras que visite tu base.
Para empezar con las Superbases Secretas conocerás al experto del tema, Aarune (Perico en español), quien viaja por el mundo con su Flygon. El te dará más información de esta funcionalidad a lo largo del juego.