En los juegos anteriores de Pokémon, los juegos de la misma generación son totalmente compatibles para las batallas e intercambios, pero al ser introducidos algunos nuevos movimientos, habilidades, objetos y Mega Evoluciones en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa, las cosas han cambiado la compatibilidad entre los juegos de la misma generación siendo un poco más complicado, especialmente al no haber un parche para Pokémon XY. Mientras que la mayoría de las funciones en línea del juego como los Poderes O, Saludo y el Holomisor no son afectados, los Combates e Intercambios han sufrido grandes cambios.

Combates

Los combates en línea y de forma inalámbrica siguen siendo exactamente iguales que antes. Mientras que entre los juegos de Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa se puede usar todo, cuando se conecten con jugadores de Pokémon XY habrán algunas restricciones. Esencialmente, no se podrá usar ninguna nueva Mega Evolución, nuevos movimientos y habilidades en combate contra esos jugadores. El juego informará cuando se seleccione el equipo cuales pueden ser usados o no.

El Área de Combate cambia esto un poco. En Combate Libre, Pokémon XY & Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa correrán diferentes tipos de emparejamiento para que nunca se puedan encontrar entre sí. En Combate por Puntos también corre con un esquema diferente, cambiando en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa el esquema del estándar de Pokémon XY.

• Liga de ORAS: Abierta a jugadores de Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa. Esta liga permite solamente el uso de Pokémon que fueron capturados, criados o distribuidos en Pokémon XY, Rubí Omega y Zafiro Alfa.
• Liga XY: Abierta solamente a jugadores de Pokémon XY. Esta liga permite el uso únicamente de cualquier Pokémon, incluyendo aquellos que fueron transferidos desde Pokémon Negro, Blanco, Negro 2 y Blanco 2.

Enfoque	Juego del oponente		Combate Libre	Combate por Puntos
	Pokémon X & Y	Pokémon RΩ/Zα
Todos los Pokémon del Pokédex Nacional
Objetos introducidos en Pokémon XY
Objetos introducidos en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa	X		*	*
Movimientos introducidos en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa	X		*	*
Mega Evoluciones introducidas en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa	X		*	*
Regresiones Primigenias introducidas en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa	X		*	*
Pikachu Cosplay	?		?	?
* Puede usarse en esos modos pero no se puede conectar con otros juegos

Intercambios

El modo de intercambiar es otro de los aspectos centrales de Pokémon y también tiene algunas restricciones. Muchas de estas restricciones son similares a las de Pokémon XY, donde no se puede intercambiar Pokémon que lleven adjunto el Cupón de Descuento en línea. Como en los combates, no se puede intercambiar Pokémon que lleven cualquiera de las nuevas Mega Piedras a Pokémon XY, pero se pueden intercambiar con normalidad entre los juegos de Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa. Tampoco se puede intercambiar Pokémon que lleven nuevos movimientos introducidos en los remakes.

Aun no esta del todo claro como funcionarán las características especiales de PSS e Intercambio Prodigioso, si correrán en servidores separados para ambos juegos o si tendrán restricciones.

Enfoque	Juego del oponente		Intercambio Prodigioso	GTS
	Pokémon X & Y	Pokémon RΩ/Zα
Todos los Pokémon del Pokédex Nacional
Objetos introducidos en Pokémon XY Incluyendo Mega Piedras			*	*
Objetos introducidos en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa Incluyendo Mega Piedras	X		?*	?*
Movimientos introducidos en Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa	X		?	?
Pikachu Cosplay	?	?	?	?
* Las Mega Piedras no pueden ser usadas en Intercambio Prodigioso o GTS

Banco de Pokémon

El Banco de Pokémon es una aplicación introducida luego de Pokémon XY para almacenar a los Pokémon obtenidos en el juego. Pokémon Rubí Omega y Zafiro Alfa son totalmente compatibles con el Banco de Pokémon desde su lanzamiento.

Como en el Banco de Pokémon se quitan los objetos que lleve el Pokémon antes de introducirlo en el Banco, la compatibilidad no es mucho problema. Sin embargo, No se sabe aun como la aplicación manejará los nuevos movimientos, como serán cargados para que no se permita mover a Pokémon XY luego, o si estarán bloqueados desde el momento de su carga.