El juego se encuentra en constante actualización la conexión a Internet. Estos parches o nuevas versiones no solo arreglan errores sino también añaden nuevas fases, eventos, Pokémon e incluso nuevas características y funcionalidades al juego.

La manera de descargarlos es mediante la opción Registro en el juego. El primer parche de cada versión requiere re-descargar el juego nuevamente, y se hace mediante la opción de Registro o la eShop de la consola.

Versión 1.0
1.0.1	Añade el evento de Mew.	18 de Febrero 2015
1.0.2	Arregla un error que permitía usar cualquier Pokémon, atrapado o no.	20 de Febrero 2015
Versión 1.1
1.1.1	Arregla algunos errores.	6 de Marzo 2015
1.1.2	Añade el evento de Kyogre.	9 de Marzo 2015
1.1.3	Añade la fase clasificatoria de Mega Lucario.	16 de Marzo 2015
1.1.4	Arregla algunos errores.	17 de Marzo 2015
1.1.5	Añade el evento de Keldeo, nuevas fases normales y diarias.	23 de Marzo  2015
1.1.6	Arregla el error que no daba una joya a los ganadores de la Lucarita.	27 de Marzo  2015
1.1.7	Añade el evento de Rayquaza.	30 de Marzo 2015
1.1.8	Añade la fase clasificatoria de Mega Blastoise.	6 de Abril, 2015
1.1.9	Añade el evento de Groudon y 15 nuevas fases en Fábrica de Juguetes.	13 de Abril, 2015
1.1.10	Agrega el desafío Safari Pokémon.	20 de Abril, 2015
1.1.11	Añade el evento de Celebi.	27 de Abril, 2015
1.1.12	Añade la fase especial de Regirock y 10 nuevas fases en Valle Rocoso.	11 de Mayo, 2015
1.1.13	Agrega la tercera tanda de Pokémon Diarios.	18 de Mayo, 2015
1.1.14	Añade el evento de Shaymin.	25 de Mayo, 2015
Versión 1.2
Los corazones se dividen en dos partes: Regenerables y Extras. La primera opción contiene los cinco corazones que se regeneran con el paso del tiempo, mientras que la segunda cuenta con aquellos comprados  u obtenidos mediante regalo. Se añade la Ocasión de Oro para aumentar las probabilidades de captura. A diferencia de la Super Ball, sale al azar y es gratuita. Se agrega un segundo efecto tras la Mega Evolución, que puede potenciarse con caramelos Megaturbo. Durante la selección, se puede ver la experiencia de los Pokémon en el equipo. Ahora se muestran los datos del Pokémon tras la pantalla de captura. Ya no se permite volver al menú Home mientras se esta en una fase con tiempo.
1.2.1	Arregla varios errores. Agrega evento de Victini y fase clasificatoria de Mega Venusaur.	27 de Mayo, 2015
1.2.2	Agrega las Fases Graduales de Giratina y 10 fases más a Valle Rocoso.	8 de Junio, 2015
1.2.3	Añade el evento de Dialga y la fase clasificatoria de Mega Blastoise.	15 de Junio, 2015
1.2.4	Añade el evento de Manaphy y Safari Pokémon.	22 de Junio, 2015
1.2.5	Añade la fase clasificatoria de Mega Manectric.	29 de Junio, 2015
1.2.6	Añade el evento de Jirachi el de Arceus, Tepig, una nueva tanda de Fases Diarias y 10 nuevas fases en Valle Rocoso.	6 de Julio, 2015
1.2.7	Agrega nuevamente la fase clasificatoria de Mega Lucario.	13 de Julio, 2015
1.2.8	Agrega las fases especiales de  Mega Blaziken, Cresselia y Wobbuffet.	13 de Julio, 2015
1.2.9	Actualiza la fase de Wobuffet.	13 de Julio, 2015
1.2.10	Agrega las fases de Pignite, el Safari y actualiza la de Wobbuffet.	13 de Julio, 2015