A partir de aquí las cosas se complican un poco, no solo te tienes que preocupar por conquistar los otros reinos, si no que además debes de proteger los reinos que ya son tuyos de una posible invasión, si que lo mejor es que despliegues suficientes unidades en cada uno de tus castillos.

Tu objetivo más próximo es Pugilis, este reino se especializa en pokémon de tipo Lucha, que son fuertes contra pokémon de tipo normal como Eevee y Jigglypuff.

El Warlord de este reino es Yoshihiro y su Gurdurr,  al parecer estaba aburrido de los otros Warlord y te estaba esperando para tener una batalla.

En Pugilis te enfrentarás a varios pokémon de tipo Lucha en un campo de batalla que es un Ring, el objetivo es capturar las cuatro banderas que hay en las esquinas del ring y protegerlas durante 5, pero no será tan fácil ya que si golpean a un pokémon que se encuentre en el borde caerá del ring. Ten cuidado del Gurdurr de Yoshihiro y de los Timburr, su habilidad Thrust empujan haca atrás al golpear a un pokémon.
 

Hay pocas cosas de las que te puedes aprovechar, pero la más importante son las campanas que se encuentran a los lados del campo, si tocas la campana azul que se encuentra a la izquierda todos tus pokémon aumentarán su ataque por un turno, si se toca la campana roja de la derecha aumentará el ataque de los pokémon rivales. Solo puedes usar las campanas 3 veces.

Una vez que le ganes a Yoshihiro este se retirará, pero solo temporalmente, si aparece otra vez puedes intentar reclutarlo a tu causa pero recuerda que para poder reclutar un Warlord como Yoshihiro tienes que derrotarlo con otro Warlord.

Una vez que termine la batalla aparecerá de nuevo Mitsunari y compañía y te explicará sobre la opción de Delegar, que te permite darle órdenes al resto de tu armada que se encuentra en otros reinos para que actúen en tu ausencia.

También aparecerá Keiji quien te explicará sobre como conseguir nuevos pokémon para tus guerreros a través del Link.

Te explicará que cada guerrero tiene un compañero pokémon perfecto conocido como Best Link y de ahora en adelante cada vez que te enfrentes a un pokémon salvaje te aparecerá la opción de Link y aparecerá un símbolo sobre la cabeza del pokémon. Ten presente que mientras mejor sea el pokémon para tu guerrero el color del símbolo cambiará, si es bueno será dorado, si es regular será plateado, si es malo será color bronce y si no puedes unirte a ese pokémon aparecerá una X sobre el símbolo. Mientras mejor sea el Link más crecerá y se fortalecerá ese pokémon. Para hacer un Link solo debes mostrarle tu aprecio al pokémon con un sencillo método de apretar el botón A cuando una luz alcance un círculo.  Cada guerrero puede llevar consigo cierta cantidad de pokémon el cual depende de su Capacidad la cual se muestra en los Stats del guerrero.

Ahora empieza a fijar tu atención hacia Violight, la nación eléctrica. Algo curioso de esta nación en que será la primera en la que te enfrentarás a dos Warlords en un mismo reino,Ginchiyo y su Shinx y Muneshige y su Starly.

Para esta batalla es recomendable llevar algún pokémon tipo tierra como Onix o tipo Planta como Carnivine que pueden resistir ataques tipo Eléctrico, también pokémon fuertes como Darumaka y Timburr.

El campo de batalla esta electrificado. Lo que te da poco espacio para moverte y no solo eso, si te fijas bien veras que el suelo esta dividido en paneles de cuatro colores y que hay cuatro botones también de colores. Si alguien acciona uno de los botones se activará un mecanismo eléctrico que ataca a todos los pokémon que se encuentren en los paneles del mismo color de botón, así que ten cuidado donde colocas a tus unidades.   También hay partes electrificadas en las que solo pokémon eléctricos, que vuelen o leviten pueden colocarse. Y para completar, también hay un Sistema eléctrico que de vez en cuando hará que caigan rayos en el campo.

Con un poco de cuidado y paciencia derrotar a Ginchiyo será fácil, luego podrás reclamar al Reino de Violight como tuyo dejándote solamente a Crysalia.

Al terminar la batalla un anciano profesor pedirá una audiencia contigo y te enseñará si lo deseas sobre los Stats y el Rango de Ataques.

Los Stats de los Pokémon son Ataque, Defensa y Velocidad. Mientras más Ataque, mas daño causas, mientras más Defensa menos daño recives y mientras más Velocidad más facil te resultará acertar tus ataque y evadir los ataques de los enemigos.

El Rango de los Ataques indican que ten fuerte es el ataque de tu pokémon, mientras más alto más daño hace y se indica con un + y un numero junto al nombre del ataque. Un ataque que llege a su maximo rango es realmente poderoso aunque para llegar al máximo del rango se necesita llevar el link con tu pokémon al 100%.

El Rango de los Ataques indican que ten fuerte es el ataque de tu pokémon, mientras más alto más daño hace.

Es el turno de Crysalia para ser conquistado. El Reino de Crysalia y su curioso Warlord Yoshimoto que se especializa en tipo Bicho son tu próximo objetivo.

Yoshimoto es un Warlord despreocupado pero eso no lo hace fácil de vencer, aunque parece estar más dispuesto a jugar que a luchar, el hecho de que el campo de batalla sea su patio de juegos hace que pueda manejar perfectamente lo que le rodea para vencerte.

De hecho, una de las cosas de las que tienes que estar preocupado es de el Campo de Batalla, es un Patio para jugar Pokémari, por lo que el centro esta lleno de bolas que al ser golpeadas salen saltando y dañan a todo el que esté es su camino, cada turno, cuando la fuente de bambú suena cae una nueva bola, también hay trampas que hacen que tu pokémon no pueda atacar o moverse. Una buena estrategia es usar las Bolas para atacar a tus oponentes cuando están lejos y tratar de mantenerte alejado de su camino. Si una de esas bolas te estorba atácala dirigiéndola hacia una dirección en la que golpee a un oponente o que no golpee a uno de tus aliados.

Ten cuidado con los Venipede que pueden envenenarte. El Spheal puede ser algo fastidioso pero con un buen pokémon de tipo Planta o Eléctrico puedes acabar con el. Tanto como el Sewaddle como el Pineco pueden robarte tus pociones con su Picadura. Ten cuidado de las habilidades  de los pokémon enemigos como Poison Point y Jagged Edge que pueden hacer que tus pokémon se debiliten más rápido, es buena idea llevar pokémon de fuego para que te ayuden en esta batalla.

Ya que le ganes a Yoshimoto, Mitsunari y compañía harán nuevamente  aparición y te hablarán sobre como las fuerzas de Nobunaga ya han conquistado ocho Reinos y como solo quedan dos reinos libres. Terrera dirigido por Shingen e Illusio a cargo de Kenshin. Si Nobunaga llega a hacerse con esos dos reinos nada podrá detenerlo, por eso no tienes otra opción que hacer que Kenshin y Shingen estén de tu lado.