La Fábrica Batalla (Battle Factory), al igual que su versión anterior, se lucha sólo con Pokémon rentados. Comienzas con un equipo y se empieza a recorrer la fábrica, combatiendo contra otras personas con Pokémon rentados. Una vez que se derrotan, nos dan la posibilidad de tomar uno de sus Pokémon a cambio de uno de los nuestros, lo cual nos permitirá cambiar el equipo por uno mejor.
Las batallas se realizan en rondas de 7 batallas que tendrás que ganar consecutivamente, y a medida que avances, los Pokémon de tus oponentes se volverán más fuertes.

Espinal (Thorton) – Primera Batalla
Te enfrentarás a Espinal (Thorton) después de ganar 20 combates seguidos. Su equipo está formado al azar, así que es imposible saber que Pokémon tendrá. Al ganarle te entregará la Medalla Fábrica de Plata.

Combate – Jefe Fábrica Espinal Jefe Fábrica Espinal (Factory Head Thorton) – – – Medalla Plata Fábrica Batalla (Battle Factory)

Espinal (Thorton) – Segunda Batalla
Te enfrentarás a Espinal (Thorton) después de ganar 49 combates seguidos. Su equipo está formado al azar, así que es imposible saber que Pokémon tendrá. Al ganarle te entregará la Medalla Fábrica de Color.

Combate – Jefe Fábrica Espinal Jefe Fábrica Espinal (Factory Head Thorton) – – – Medalla Color Fábrica Batalla (Battle Factory)