Llegarais corriendo a la reunión y Chatot dirá que han robado un tercer engranaje del tiempo. Preguntarais donde ha sido esta vez y te responderán que fue en el Lago Velado. Discutirán que sólo ellos sabías que había un engranaje del tiempo. Entonces Dusknoir preguntará como saben eso si no se suponía que su expedición habías sido un fracaso. Luego todos le dirán a Dusknoir que le juraron a Uxie que no se lo dirían a nadie. Luego Chatot dirá que alguien llego al Lago y derribo a Uxie, luego robo el engranaje. Wigglytuff dirá que la brigada de Magnezone esta encargada de Uxie. Chatot os dirá que gracias a que Uxie vio al intruso, se hizo un cartel con la descripción del sujeto “Grovyle”. Deducirán que por eso habían tantos Pelipper volando.

 
 
 
 Después de eso te enviarán decidirán capturar a Grovyle como sea, luego Dusknoir ofrecerá su ayuda. Chatot os dirá que habrá una reunión para capturar a Grovyle, y que mientras tanto vayan a prepararse a la Aldea Tesoro. Cuando estés listo vuelve al Pokégremio.

 Ya en el Pokégremio los dividirán por grupos para ir a buscar en los lugares donde podrían haber engranajes del tiempo, a Loudred y a Corphish los mandarán a un bosque del este, a Bidoof, Dugtrio y Sunflora irán a la Cueva Cristal. Y tú y tú compañero irán al Desierto Norte.

 Cuando estés listo, dirígete al Desierto Norte, al llegar verás un campo lleno de arena. Tú compañero dirá que si oculta algún engranaje Grovyle llegara hasta allí.

 Desierto Norte
Número de pisos: 15
Pokémon: Cubone – Larvitar – Baltoy – Aron – Cacnea – Sandshrew – Trapinch – Carnivine – Rhyhorn – Lairon – Cacturne.
Jefes: Ninguno

Al llegar a lo más profundo del Desierto Norte verás unas arenas movedizas. Tú tendrás la sensación de haber estado allí antes. Luego os irás de ese lugar y las nubes del Desierto Norte se disiparán.

 Ya en el Pokégremio todos dirán que sus misiones han fracasado, luego Bidoof dirá que trajo un cristal, todos lo regañarán por no preocuparse mucho de la misión, luego quedarán en descansar y al día siguiente trazar un nuevo plan. Irás a cenar y posteriormente a dormir.

 Al día siguiente Loudred te despertará e irán con los demás como siempre. Allí Chatot dirá que con Dusknoir están realizando un nuevo plan y que por mientras busquen los engranajes del tiempo por su propia cuenta. Luego ve a trabajar. Se preguntarán a donde ir cuando tú le dirás tú compañero la sensación que tuviste al llegar al fin del desierto. A sí que debes ir a las arenas movedizas. Allí tú compañero insistirá en que no hay nada mas que pozos de arena y dunas, entonces tú comenzaras a pensar y deducirás que si sólo hay arenas movedizas., esa es la clave para avanzar. Así que le dirás a tú compañero que quieres lanzarte a las arenas movedizas. Tú compañero confiará en ti y posteriormente se lanzaran a las pozas de arena. Caerás en una caverna subterránea y decidirás explorarla.

 
 Cueva Arenas
Número de sótanos: 10 + Sima Arenas (10 sótanos) + Lago subterráneo
Pokémon: Nincada – Vibrava – Sandslash – Skorupi – Mawile – Pupitar – Tyranitar – Hippopotas – Ninjask.
Jefes: Mesprit Lago Subterráneo (Reclutable después de los créditos)

Al terminar los primeros 10 sótanos llegaras a una estatua Kangaskhan para guardar, luego sigue explorando. Al llegar al final llegarás a un Lago Subterráneo, verás la luz y deducirán que puede ser de un engranaje del tiempo, intentarán acercarse pero todo caerá en penumbra. Escucharás una voz que preguntarás que quienes sois, les dirá que se alejen del engranaje. Y del agua saldrá Mesprit, la guardiana del Lago Subterráneo. Deberás batallar con el. Al derrotarlo, dirá que no loa dejara salir con el engranaje del tiempo. Ella dirá que Uxie le ha dicho que robaron el engranaje del tiempo y ustedes le dirán que no han sido ustedes. Luego ella preguntara quien fue entonces y aparecerá Grovyle. Dirá que se llevara el engranaje del tiempo y posteriormente los atacara a todos. Luego se sumergirá en el Lago Subterráneo y tomará el engranaje del tiempo. Después Mesprit les creerá y luego habrá un terremoto, Mesprit dirá que deben salir de allí por que fue removido el engranaje del tiempo. Dirá que si no salen de allí quedarán atrapados en el tiempo. Las nubes de la Cueva Arenas se disiparán y podrás guardar la partida.