Aparecerás en la planta -2 del Pokégremio y el oficial Magnezone dirá que Mesprit esta bajo protección, luego les agradecerá por ayudarles con la captura y dirá que usara todos sus recursos para capturar al ladrón. Después todos se asombrarán por su descubrimiento, luego Dusknoir dirá que según la leyenda Uxie es el ser de la sabiduría, Mesprit el ser de la emoción y que los tres mantienen el equilibrio espiritual. Preguntarán quien es el tercero y Dusknoir dirá que es Azelf el ser de la voluntad. Luego Dusknoir dirá que como Uxie y Mesprit custodiaban engranajes del tiempo, quizás Azelf igual custodie uno. Chimecho dirá que entonces si encuentran a Azelf podrán dar fácilmente con el último engranaje del tiempo. Dusknoir dirá que se dice que los tres pokémon habitan en un lago, y como han comprobado ya que Uxie y Mesprit vivían en un lago Azelf debe de encontrarse cerca de uno. Dusknoir deducirá que los lagos se encuentran en lugares inusuales, como en la sima de una meseta, o en lo subterráneo de una caverna. Luego Sunflora dirá que entonces pueden haber lagos en los sitios que buscaron antes pero debe haber un misterio en ellos. Luego Dusknoir le pedirá a Bidoof que le preste el cristal un momento y luego te pedirá que toques el cristal de Bidoof para ver si la Percepción de Cronos te muestra algo, luego Loudred preguntará que es eso y le explicarán que es una habilidad tuya que cuando tocas algo puedes ver el futuro o el pasado de ese objeto. Tendrás un mareo y verás a Grovyle amenazando a Azelf en un lago congelado. Le explicarás lo visto y todos se sorprenderán. Luego Dusknoir dirá que debe haber ocurrido en el futuro por que o si no Azelf también le habría avisado a Mesprit telepáticamente. Luego Dusknoir dirá que seguramente en lo más profundo de la Cueva Cristal se encuentra un engranaje del tiempo. Le dirán al Gran Bluff que ponga todo de acuerdo pero se habrá quedado dormido con los ojos abierto como en ocasiones anteriores. Luego se despertará y dirá que todos se dirijáis a buscar Grovyle, luego Chatot quedara paralizado del susto. Todos decidirán ir a la Cueva Cristal, cuando estés listo, manos a la obra.

 
 
 
 Cuando llegues tú y tú compañero decidirán explorar la cueva y legar lo más lejos posible.

 
Cueva Cristal
Número de sótanos: 11 + Corazón Cueva Cristal
Pokémon: Graveler – Seviper – Beldum – Wormadam (Forma de Tierra) – Riolu (Sólo versión Tiempo) – Cranidos – Donphan – Shieldon – Golem.
Jefes: Ninguno

Al llegar a lo más profundo de la cueva verás tres pilares de cristal de diferente color del resto, ustedes dos pensarán que esa debe se la clave para encontrar el lago de Azelf. Tú compañero tocara uno de los cristales y cambiará de color. Tú compañero te pedirá que toques los cristales e igual cambiara de color. Luego intentarás descifrar su significado pero al haber tocado el cristal tendrás un mareo. Esta vez la Percepción de Cronos te mostrará una voz que dirá que cada cristal representa a uno de los tres (Uxie, Mesprit, Azelf), y como Azelf es el ser de la voluntad que significa transformarse en uno sólo, debes descifrar el color del espíritu de Azelf, que se ve constantemente por los cristales. O sea, debes cambiar los cristales hasta que se encuentren de color azul. Verás una roca Kangaskhan para guardar. Cuando estés listo, cambia los cristales. Para cambiar el color, ponte frente a un cristal y presiona el botón A.

 
 
 Habrá un temblor y los tres cristales lanzarán un rayo hacia el centro y posteriormente se creará una entrada a la Vía Cristalina. Allí pensarán que quizás los conduzca a un engranaje del tiempo.

 
Vía Cristalina
Número de sótanos: 13 + Lago Cristal.
Pokémon: Wormadam (Forma de planta) – Bagon – Absol – Glameow – Floatzel – Glalie – Froslass.
Jefes: Grovyle (Primera visita solamente) Azelf (Después de los créditos)

Al completar de explorar el territorio llegarás a Lago Cristal, donde verás a Grovyle amenazando a Azelf junto con un resplandor verdoso junto a la isla congelada donde se encuentra Azelf. Le dirás a tú compañero que eso fue lo que viste en la Percepción de Cronos. Verás a Grovyle listo para sacar el engranaje del tiempo que se encuentra hundido en el lago. Azelf le dirá a Grovyle que Uxie y Mesprit le avisaron que el iría a su lago y entonces le dijeron que posiblemente perdería la pelea, así que preparo un mecanismo de defensa. Todo empezara a congelarse de cristales y entonces. Luego verás a Grovyle enfadado por no poder tomar el engranaje. Luego llegarás y deberás enfrentarte a él.

 
 
 
 No importa si ganas o pierdes, después del combate tú caerás desmayado y tú compañero quedará frente a Azelf, luego Grovyle intentara atacar a tú compañero pero de la nada aparecerá Dusknoir y lo protegerá. Luego lanzará a Grovyle a lo lejos. Luego él se pondrá de pie y se sorprenderá al ver al Dusknoir, al parecer se conocían desde antes. Grovyle le dirá a Dusknoir que hasta ese lugar ha sido capaz de perseguirlo. Luego Grovyle retará a Dusknoir a un combate y posteriormente después de la batalla Grovyle se desvanecerá. Luego Dusknoir también desaparecerá. Posteriormente tú compañero no podrá más y se caerá al suelo. Luego verás como el Pokégremio llegara para salvarte. Luego los llevaran al Pokégremio, las nubes de la zona boscosa se disiparán y podrás guardar la partida.

 
 
 
 Chimecho te despertará en tú habitación del Pokégremio y le preguntarán como esta Azelf, ella te dirá que esta muy bien en el Pokégremio. Irá a avisar a todos que despertaron. Todos irán a verlos. Tú compañero dirá que tiene que contarles algo y posteriormente aparecerás con lo demás del Pokégremio y tú compañero les contará que al parecer Dusknoir y Grovyle se conocían desde antes. Posteriormente ellos preguntarán a donde se fue Dusknoir y tú compañero les dirá que Grovyle escapo y que Dusknoir seguramente se fue tras él. Luego escucharas la sirena de emergencia. Diglett le preguntara al ayudante Magnamite que es lo que pide el agente Magnezone. Los llamarán a todos a la plaza de la Aldea Tesoro por que hay un importante aviso que dar.