Después de terminar la historia principal se desbloquearán los primeros Capítulos Especiales, estoy capítulos son historias alternas que no tiene que ver necesariamente con el héroe protagonista del juego.

 

Hay algunas cosas que hay que tener en cuenta en cuanto a los Capítulos Especiales:

• Los Guerreros y Warlords que ya hayas reclutado y que reclutes nuevamente en los Capítulos Especiales aparecerán con el mismo pokémon que tenían al terminar la historia principal, aunque su porcentaje de Link se reseteará.
• Perderás la mayor parte de los objetos y el dinero que tenias en la historia principal.
• No puedes comenzar más de una historia al mimo tiempo, una vez que empieces una debes terminarla o abandonarla antes de comenzar una nueva.
• Muchos de los lugares dentro de las naciones habrán desaparecido pero pueden reaparecer al mejorar ciertos edificios.
• Aparecerán los Bancos, en estos lugares puedes invertir dinero en mejorar edificios y lugares dentro de cada nación, al hacerlo suceden varias cosas: Las tiendas y puestos de Ponigiri ofrecerán mejores productos, los campos crecerán y nuevos pokémon aparecerán en ellos y nuevos campos y edificios aparecerán.
• Cada capitulo termina en cuanto cumplas con el Objetivo Principal.
• Si decides abandonar un Capitulo Especial y luego lo retomas empezarás nuevamente desde el principio, aunque conservarás el pokémon que tenias al abandonarlo.
• Es más probable que acurran eventos especiales como la aparición de manadas de pokémon.